A maneira de consertar isso é parar de usar sequências "shift-out / shift in" e começar a incluir os caracteres de desenho de linha diretamente como UTF-8 (assim como você fez no seu exemplo):
PS1="\n\[3[30;1m\]┌─ (\u@\h \[3[31;1m\]\w\[3[30;1m\]) ->\n└─ \'if [ \$? = 0 ]; then echo \[\e[1\;30m\]\$\[\e[1m\]; else echo \[\e[1\;31m\]\$\[\e[0m\]; fi\' \[3[0m\]"
O problema aqui é que o PuTTY atualmente não suporta as seqüências do conjunto de caracteres alternativos ISO 2022 quando ele está sendo executado no modo UTF-8. Existe uma entrada na lista de desejos
Como nos comentários: Observe que as versões mais antigas do Consolas não tinham caracteres de desenho de caixa. Você terá que obter Consolas do Windows 8.