Com base nas imagens que você fornece, parece que o emacs está usando um fundo cinza escuro e fontes cinza claro, enquanto o terminal tem um fundo preto e fontes brancas. Isso pode explicar porque aquele parece mais brilhante que o outro. Tente definir as mesmas cores em ambos e veja se eles ainda aparecem significativamente diferentes. A diferença de tamanho é tão pequena que não posso ter certeza se não é apenas uma ilusão nascida das diferentes cores.
Outra coisa a verificar é a configuração de anti-aliasing de ambos.