Esta é uma tarefa complicada, mas totalmente possível se o aplicativo que você deseja gravar suportar a escolha de um dispositivo de áudio específico. Como alternativa, alguns softwares não varrerão novamente os dispositivos e registrarão o dispositivo padrão no momento em que o dispositivo for adquirido.
Você pode usar o Virtual Audio Cable como uma placa de som virtual para canalizar o áudio. Use um software de gravação genérico (ou seja, Audacity) para gravar o áudio do cabo de áudio virtual.