Sim, alterar a variável deve fazer com que os novos programas padrão estejam na nova pasta, mas também faz com que o Windows (e qualquer programa - codificado adequadamente) use a variável ) procurar na nova pasta por programas em geral. Como resultado, ele quebrará o software que já está instalado pelo menos algum grau.
Dependendo do software, os caminhos para eles podem ou não estar codificados durante a instalação. Se eles não estiverem codificados e usarem a variável, os programas não serão mais encontrados. Se eles forem codificados, eles (ou pelo menos devem) continuarão sendo executados, mas outros efeitos colaterais podem se manifestar, como o Windows e outros programas que executam operações em programas instalados (como limpeza de arquivos temporários, verificação de atualizações, etc.) pode ou não ser capaz de vê-los dependendo de como eles são codificados.
O ponto é que é melhor alterar a variável antes ou durante (ou no máximo, imediatamente após) a instalação do Windows. Fazê-lo mais tarde, especialmente depois de já ter instalado programas (particularmente programas grandes que se aprofundam no sistema como a maioria dos programas da Microsoft) é uma má ideia e repleta de riscos.
(Na verdade, embora o objetivo de usar variáveis seja facilitar as alterações, o fato é que sempre é arriscado fazer alterações em caminhos como Program Files
e Windows
, não importa quando você o altera, porque alguns programas - incluindo o Windows - terão inevitavelmente um pedaço de código que espera que as coisas estejam em um local específico e, assim, serão quebrados se você alterá-lo.