Já tentou instalar linux ou 7 lá e viu se o comportamento é melhor, para descartar qualquer problema de hardware?
Encontrei este link em outra pergunta que descreve algumas configurações recomendadas para um controlador de domínio para sincronização baseada em hardware ou sincronização externa. Talvez você também possa tentar isso. Além disso, eu não ficaria muito surpreso se definir o intervalo de sincronização como muito baixo (a cada segundo com correção a cada 100 ticks, como o seu exemplo) poderia estragar tudo se não fosse testado no MS.
Aqui estão as configurações padrão do Windows 7 da instalação atualizada e atualizada.
C: \ Windows \ system32 > w32tm.exe / consulta / configuração
[Configuration] EventLogFlags: 2 (Local) AnnounceFlags: 10 (Local) TimeJumpAuditOffset: 28800 (Local) MinPollInterval: 10 (Local) MaxPollInterval: 15 (Local) MaxNegPhaseCorrection: 54000 (Local) MaxPosPhaseCorrection: 54000 (Local) MaxAllowedPhaseOffset: 1 (Local) FrequencyCorrectRate: 4 (Local) PollAdjustFactor: 5 (Local) LargePhaseOffset: 50000000 (Local) SpikeWatchPeriod: 900 (Local) LocalClockDispersion: 10 (Local) HoldPeriod: 5 (Local) PhaseCorrectRate: 1 (Local) UpdateInterval: 360000 (Local) [TimeProviders] NtpClient (Local) DllName: :\Windows\system32\w32time.dll (Local) Enabled: 1 (Local) InputProvider: 1 (Local) AllowNonstandardModeCombinations: 1 (Local) ResolvePeerBackoffMinutes: 15 (Local) ResolvePeerBackoffMaxTimes: 7 (Local) CompatibilityFlags: 2147483648 (Local) EventLogFlags: 1 (Local) LargeSampleSkew: 3 (Local) SpecialPollInterval: 604800 (Local) Type: NTP (Local) NtpServer: time.windows.com,0x9 (Local) VMICTimeProvider (Local) DllName: C:\Windows\System32\vmictimeprovider.dll (Local) Enabled: 1 (Local) InputProvider: 1 (Local) NtpServer (Local) DllName: C:\Windows\system32\w32time.dll (Local) Enabled: 0 (Local) InputProvider: 0 (Local)