Uma diferença entre o Windows e outros sistemas é o padrão para a configuração 'linespace' , que insere uma linha de pixel entre os caracteres no Windows. Veja :help 'linespace' .
No Windows gVim:

NoUbuntugVim(omesmonoVim):
Por que o preenchimento nos dois sistemas operacionais é tão diferente? Esta é uma característica modificável?
Além da resposta dada por Ingo, observe que a partir de Patch 7.4.393 O Vim no Windows permite ajustar a renderização da fonte, definindo o 'renderoptions'