Depois de instalar o i3 e testar com diferentes daemons de notificação, parece que a notificação que você está recebendo é de dunst
daemon de notificação.
Basta removê-lo para corrigir o problema.
sudo apt-get --purge autoremove dunst
é o comando que você precisa executar em um terminal.
Verifique a captura de tela do link