Matar buffers e sair do seu quadro emacs são totalmente independentes, como você mencionou: o servidor mantém tudo que você não fecha aberto, independentemente do que você exibe em quantas janelas. (Eu geralmente tenho os mesmos buffers abertos em 2 ou 3 dos meus desktops virtuais, por exemplo, não no mesmo ponto.)
Para matar um buffer, isso é C-x k .