A maioria dos programas X aceita a opção "geometria" para indicar o posicionamento e tamanho da janela. Isso também pode ser definido como um recurso X. Normalmente, a página man do programa informará quais recursos X você pode definir, ou como especificar o posicionamento, etc.
Outros programas, como o Midori, terão uma opção de tela cheia como argumento para o programa:
midori -e Fullscreen
Há mais informações sobre as opções para a Midori em o site da midori .