A razão para isso é exatamente como você mencionou:
I have never had this happen using visual studio, netbeans, or adobe flash for that matter, unless i was compiling or doing something that hogs the processor.
O Eclipse por padrão compila automaticamente em segundo plano. Você pode desabilitar este comportamento do menu Build : certifique-se de que Construir automaticamente esteja desativado.
Pessoalmente, prefiro a construção automática, mas posso entender que em máquinas mais antigas isso pode tornar as coisas mais lentas. Como alternativa, se você tiver um processador com vários núcleos, convém considerar a possibilidade de atribuir afinidade principal ao Eclipse.