Se você estiver inicializando em um pendrive, a menos que esteja fazendo algo que não esteja nos dizendo, o disco rígido não será necessário para o sistema operacional ser executado. Você pode absolutamente afetar o disco rígido do sistema e não se preocupar com o sistema operacional atual (no seu stick USB). É análogo à formatação de um cartão de memória USB no Windows, por exemplo. Não é nada demais.
Dito isto, se você for sobrescrever dados em seu disco rígido com dados do seu disco rígido, irá quebrar alguma coisa. Copie a imagem para outra unidade e certifique-se de que o disco que você está copiando para não tenha dados críticos, porque não está voltando.