Não, os ícones na área de trabalho são todos do mesmo tamanho e, por padrão, cabem em uma grade. Você não pode ter um ícone com um tamanho diferente.
O que você poderia fazer é escrever um pequeno programa que basicamente aparece para ser um ícone e deixar que ele nunca fique em cima de outras janelas. Você pode então fazer o que quiser, se for clicado.