Você não deveria estar usando um diretório temporário codificado. O código abaixo ajudaria você com isso. Apenas tome nota executando isto com SCCM (SYSTEM account), o diretório temp irá resolver para% windir% \ temp.
Adicione um script (por exemplo, uninstaller.vbs) com o código abaixo e o arquivo iss para um pacote SCCM. Crie um programa com o seguinte comando: cscript.exe uninstaller.vbs
set wsh_shell = createobject("wscript.shell")
set fso = createobject("scripting.filesystemobject")
dq = chr(34)
source_path = fso.getparentfoldername(wscript.scriptfullname)
tmp_folder = fso.getSpecialFolder(2)
iss_file = "uninst_setup.iss"
log_file = "setuppec.log"
' Copy the iss file to the temp folder.
fso.copyFile fso.buildPath(source_path, iss_file), tmp_folder, true
' Build the command line
cmd = dq &"C:\Program Files\InstallShield Installation Information\{4D9CA1B8-5FF5-47A7-8BDF-C37D1F9F55A5}\setup.exe" &dq
cmd = cmd &" -l0x9 -removeonly -uninst /s /f1" &dq &fso.buildpath(tmp_folder, iss_file) &dq
cmd = cmd &" /f2" &dq &fso.buildpath(tmp_folder, log_file) &dq
' Run commandline and return exit code to sccm.
wscript.quit wsh_shell.run(cmd, 0, true)