Isso significa que removerá um pacote que contém um módulo do kernel (ou versão de um módulo do kernel) que está sendo usado pelo sistema. Depois de removê-lo e reinicializar, você não poderá carregar esse módulo.
Se isso é ou não um problema para você, realmente depende do módulo e se você está substituindo-o por outra coisa. Eu não acho que haja uma resposta única para isso, além de: ler a mensagem e descobrir se isso é um problema. Se estiver, basta reinstalar esse pacote e seguir em frente.