Tanto quanto sei, não há como alterar a cor da barra de ferramentas inferior. Não há uma maneira oficial de fazê-lo, mas pode haver um truque para fazê-lo.
No entanto, a barra de ferramentas na parte inferior desaparecerá, sendo substituída pelos botões da barra de ferramentas no cabeçalho (e a pesquisa substituirá o título do cabeçalho). Veja este post no blog de design da Canonical para mais detalhes.