Você pode obter um pen drive com uma chave de proteção contra gravação de hardware ou pedir à pessoa que monta o pen drive para montá-lo somente leitura (consulte man mount , as opções rw e ro ) .
Se você tem medo de que alguém monte o pen drive e mude as coisas, criptografe a unidade. Ou a unidade inteira via hardware (que significa comprar um pen drive que suporte isso) ou via software (criptografar o sistema de arquivos).