A solução do OP foi removida da pergunta:
Eu fiz mais algumas pesquisas e encontrei uma solução com a ajuda de um colega.
Primeiro, usei
strace
para descobrir onde estava pendurado:strace apt-get update
E notou que estava pendurado
msync(0x7f02a57b1000, 37879664, MS_SYNC ...
A pesquisa sugeriu que isso estava relacionado ao disco I / O.
Então eu instalei e executei
iostat
:sudo apt-get install sysstat sudo iostat -x 1
Utilitário de disco estava em cerca de 90%. Isso confirmou o afunilamento de E / S de disco.
Meu colega sugeriu que eu tentasse desativar a sincronização síncrona de arquivos para o ZFS:
zfs set sync=disabled pool/fs
E isso resolveu meus problemas!
Quer este seja um bug ou uma funcionalidade ainda está em debate, deixarei este assunto sem resposta por alguns dias.