Você pode detectar o tipo de cursor que está sendo exibido no momento em A_Cursor
A_Cursor será um dos seguintes:
The type of mouse cursor currently being displayed.
It will be one of the following words:
AppStarting, Arrow, Cross, Help, IBeam, Icon, No, Size, SizeAll, SizeNESW, SizeNS,
SizeNWSE, SizeWE, UpArrow, Wait, Unknown.
Este código verifica se existe um cursor piscando ou não
if A_Cursor != Ibeam
msgbox, Not Waiting for input
else
msgbox, Waiting for input
return