Definir uma partição como "ativa" significa que é a partição de inicialização quando essa unidade é inicializada. Isso não significa mais nada.
Você pode testar uma partição inicializável configurando-a e tentando inicializá-la. Se funcionar, então é inicializável.
No entanto, o "status ativo" de uma partição não tem nada a ver com o problema de espaço em disco. Se uma partição é inicializável ou não, isso não muda se o Windows está montando a partição e a disponibilizando para uso.
Normalmente, um processo de instalação do Windows, especialmente quando é de um produto Microsoft, requer uma quantidade específica de espaço na partição do sistema. A maioria dos produtos que não são da Microsoft são instalados bem e funcionam em outras partições.
Suas opções para instalar o windows server são fazer do outro disco o disco principal (trocando as unidades pelos cabos) e instalar o SO nele, fazendo uso do espaço disponível - apesar de estar ciente do padrão