Tente reinstalar o Skype (tive um problema semelhante, depois que fechei o Skype ou terminei a chamada, todas as minhas configurações ficaram no padrão, o que eu encontrei mais tarde). Tente colocar o caminho da instalação para outra partição / pasta e veja se o problema persistir.
Vejo que você tentou outros microfones no seu computador e todos eles tiveram o mesmo problema?
Tente atualizar os drivers da sua placa de som .... se você tiver o driver mais recente, espero que a reinstalação solucione o problema!