Faz o mesmo comigo (CS6), é normal.
Suponho que você esteja fazendo um documento CMYK. Tente fazer exatamente a mesma coisa em RGB e, de repente, é 270KB.
Observe também que, se você fizer exatamente a mesma coisa, em vez de apenas um quadrado, você desenhará várias formas, o tamanho não aumentará exponencialmente. Podemos então deduzir que o que o Illustrator está fazendo é salvar as informações necessárias para ele próprio do documento (como as amostras que você está usando e o tamanho / posição da prancheta), que lhe dá esse tamanho de "base" e adiciona o tamanho ele precisa salvar suas informações de formas.