Eu não brinquei muito com a ferramenta de gerenciamento de disco no windows (além de referência rápida ou para alterar uma letra de unidade) desde o XP quando entrei nas ferramentas Acronis; sua ferramenta de diretor de disco é incrível (assim como seu software de backup).
Eu recomendaria tentar um programa de terceiros como esse; enquanto instalava o windows 7 na minha máquina de jogos, eu estava tendo problemas com o windows formatando e particionando meus drives .... até que descobri que estava ficando confuso com múltiplos plugados e só trabalharia com uma única unidade no sistema. Isso foi no nível do bios, mas pode haver problemas semelhantes no nível do sistema operacional também?!