Eu só vou jogar isso lá fora, mas http://download.cnet.com/Auslogics-Disk-Defrag/3000-2094_4-10567503.html pode acelerar o tempo de inicialização significativamente. É uma ferramenta de desfragmentação, mas tem uma opção de otimização que move os arquivos do sistema para o centro do disco.
Quanto aos SSDs, que não serão beneficiados com isso. A velocidade de leitura é mais importante para a inicialização rápida e, geralmente, quanto mais leituras ocorrem do que escritas.
Minha instalação do W7 ocupa cerca de 20 GB do meu SSD de 30 GB, você pode realocar as pastas do usuário, etc. para outros discos rígidos para economizar espaço.
Linux depende, tanto ou tão pouco quanto você quiser.