Eu sugeriria procurar um sinal D-Bus que é emitido sempre que você alterna os espaços de trabalho.
Tente executar dbus-monitor
para verificar quais sinais são emitidos enquanto você faz isso. Veja também esta questão sobre como ler a saída dbus-monitor
.
Existem Ligações em Python para o D-Bus que você pode usar para escrever um script que fecha as janelas existentes quando este sinal é emitido. Você pode matar um processo usando a função os.kill do Python.