Bem, eu uso um teclado de maçã, então eu não tenho idéia porque a troca de cmd & ctrl não fica preso.
Mas talvez você tenha mais sorte tentando KeyRemap4Macbook , que, ao contrário do nome, funciona com todos os teclados de qualquer mac. Especialmente teclados para PC. Realmente projetado para esse tipo de coisa.
Para alterar as chaves padrão, eu uso Ukelele que tem um muito melhor GUI e produz um padrão de xmlout keylayout OSX entende nativamente.