Eu escrevi uma pequena ferramenta que pode fazer isso e há também uma gnome-shell-extension que o utiliza. Você pode instalá-lo via npm install -g linux-window-session-manager . Nodejs precisa ser instalado e em algumas máquinas você tem que adicionar sudo ao comando. Depois você pode correr:
lwsm save sessionName
# and
lwsm restore sessionName
Observe que os aplicativos não são incluídos (mas o XWayland funciona bem).