Na verdade, era um problema com meu dispositivo de mouse - o botão do meio estava agindo como se estivesse preso e sempre pressionado. Isso causou o estranho comportamento do sistema.
Eu tenho esse problema por dois dias agora. Primeiro, quando aconteceu, logout e back in ajudaram, mas agora isso ocorre logo após a inicialização. Não consigo ativar nenhuma janela clicando nela e também não posso minimizar ou fechá-la com o mouse. Em alguns aplicativos, não consigo nem interagir com eles com o mouse (por exemplo, clicar em links no navegador). Eu posso rolar uma janela ativa com o trackball, e às vezes tudo funciona normalmente por um tempo. Tudo funciona bem, quando eu uso o teclado para isso, posso redimensionar, mover, fechar janelas com atalhos de teclado, etc.
Eu corri um Avast completo! digitalizar, mas não encontrou nada importante. O visualizador de eventos também não mostrou erros relevantes. Aqui está um um log do HijackThis se ajudar alguma coisa.