Se você começou a partir de uma unidade em branco e deixou o Windows 7 criar as partições conforme elas estavam sendo configuradas, as chances são de que sua unidade já esteja alinhada corretamente.
Basicamente, você quer ver que as partições começam com aproximadamente 1 MB no disco.
Da Calculadora de Alinhamento SSD da TechPowerUp você pode descobrir usando MSinfo
Start -> Run -> msinfo32.
In MSInfo: Components -> Storage -> Disks -> Partition Starting Offset
Nesse campo, você gostaria de ver algo como 1048576 , que é 1 MB.
Esta questão parece indicar que outra maneira de ver se a sua unidade está funcionando corretamente alinhado é usar GParted (um LiveCD linux) para dizer se a unidade está alinhada.
Sobre como alinhar o disco, parece que o lifehacker tem um guia sobre como fazer isso usando GParted