Você pode pressionar \
para alternar o modo de tela inteira. Então você poderia, pelo menos, executá-lo no modo de janela em uma única tela.
Para uma solução mais completa, este tópico no fórum do Boxee pode ser útil. Já faz um tempo desde que eu usei o Boxee em um sistema de duas telas, mas quando eu usei, usei algo similar ao que está lá.