Veja esta pergunta que, inadvertidamente, responde à sua pergunta.
O Okular não armazena as anotações no próprio documento, mas as armazena em um arquivo XML, em um local especificado abaixo. A menos que o formato no XML seja reconhecido por outro leitor - Evince - então você está sem sorte.
No seu caso, se o próprio Okular não conseguir encontrar as anotações, verifique se você tem o diretório (~ / .kde / share / apps / okular / docdata).
Observe que o Okular não é um leitor de PDF, mas usa 'backends' - veja este link