Bem rsync é uma ferramenta de linha de comando como a maioria das ferramentas * nix. Portanto, o aplicativo rsync nativo é uma ferramenta de linha de comando.
Eu só conheço uma ferramenta baseada em rsync com uma GUI para Windows: DeltaCopy
Mas é apenas um aplicativo win32 regular, não um aplicativo nativo de 64 bits. Mas como o rsync não precisa de muita memória, uma versão de 64 bits não lhe traria vantagens.