Eu usaria o grep e o tr:
grep -v '#' test.m3u | tr -d '\r' | while read line ; do cp "$line" "test/" ; done
Isso funcionará em todos os arquivos da lista de reprodução, pois tudo, exceto os nomes e caminhos de arquivos, começa com # em um arquivo .m3u.
Editar: O modo sed para fazer isso é:
sed -e 's/.$//;/#/d' test.m3u |while read line ; do cp "$line" "test/" ; done