Embora esta questão seja bastante antiga, adicionarei o seguinte para referência: Com a minha versão do Thunderbird (31.0), tudo está funcionando bem: primeiro classifico por data e depois por não lido, et voilà. Mas, é claro, a versão usada pelo questionador está bastante desatualizada agora.
Uma resposta da página de Suporte da Mozilla sugere a reinstalação do Thunderbird: link
Se isso não funcionar, pode-se tentar a seguinte abordagem do usuário "DanRaisch" na mozillaZine fórum , embora isso seja apenas uma solução alternativa:
Customize the toolbar by right clicking on it and choosing "Customize" from the context menu. Drag the "View:" selector onto an open spot on the toolbar or menu bar. Use that dropdown selector to choose "Unread" then sort by date.