Existem quatro cinco soluções possíveis:
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Truncar os arquivos para um comprimento dentro do padrão UDF1.02, por exemplo use um script para automatizar isso, faça-o de maneira inteligente, ou seja, acrescente um incremento de um número de índice ao arquivo se o mesmo nome de arquivo existir de um truncamento anterior. Lembrando-se de garantir que o acréscimo do número de índice ainda mantenha o comprimento total do arquivo dentro do padrão. Esta é uma solução possível, mas eu teria que estar ciente dos arquivos que fazem referência a outros arquivos, por exemplo: html, as referências dentro de arquivos seriam quebradas se o nome do arquivo fosse truncado.
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Use um padrão UDF posterior. Não é favorito, pois o UDF1.02 é mais amplamente compatível, o menor denominador comum
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Existe um thread de comparação que discute o uso de regex na ferramenta, mas o thread não foi concluído para fornecer uma solução que definitivamente funciona ainda: link
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Use o Localizador de Arquivos Duplicado Rápido do MindGems para comparar duas pastas e definir a configuração para que uma das pastas seja excluída de ter suas duplicações marcadas, o que significa que a outra pasta pode ter suas duplicatas marcadas (e removidas) apenas os arquivos que não estão na primeira pasta: link
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EDITAR - novo: Desative o unicode no UDF se apenas os ascii forem necessários. Isso duplica os caracteres disponíveis para que as situações de truncamento sejam reduzidas ou eliminadas. unicode off ainda é uma opção válida para o padrão UDF, incluindo UDF1.02, aparentemente: link