Com base nos seus comentários à sua pergunta, o problema não é modificar a própria tabela de partição, mas o MBR como um todo e o que o GRUB faz para ele. Se você pudesse criar uma nova partição com o Windows, instalar o Linux nela e depois inicializar essa partição sem o GRUB, isso funcionaria, certo?
Bem, você pode inicializar (pelo menos algumas versões do) Linux com o gerenciador de inicialização do Windows. Isso envolve copiar um setor de inicialização do Linux de algum lugar, armazenando-o como um arquivo na unidade do Windows e, em seguida, editando o boot.ini (ou talvez este ) para XP ou usando o bcdedit para o Vista / 7.
Ah sim: não se esqueça de criar uma partição para o Linux também.