Consegui encontrar uma solução indireta para o meu problema específico, usando o comando Arquivo do Mail (no menu Mensagem).
Estou usando apenas o iKey para acionar esse comando de menu em vez de qualquer AppleScript, mas acho que você também pode usar o AppleScript puro para acionar esse item de menu (ou mover para outra caixa de correio pelo submenu Mover para ...)