Na sua máquina Server 2008 R2, eu executaria esses comandos, um de cada vez, a partir de um prompt de comando elevado (se você ainda não tiver desativado o UAC).
netsh interface tcp set global autotuning=disabled
netsh interface tcp set global chimney=disabled
netsh interface tcp set global rss=disabled
Em seguida, reinicie seu servidor e teste o desempenho novamente. Eu sei em minha própria experiência que isso melhorou muito as velocidades da rede.
Espero que ajude.