Eu começaria perguntando se a unidade foi desmontada corretamente, assumindo que era um sistema * nix que você está conectando a unidade - a maioria dos sistemas * nix não tendem a montar unidades NTFS não limpas sem uma diretiva -f para forçá-lo a ignorar o bit sujo.
Supondo, é uma forma mais profunda de bagunça-uppery ... você pode verificar o estado físico da unidade com smartmontools ou gsmartctl . Se os seus dados, dd-resgatar a imagem, e recuperação de arquivos ou software forense na imagem para tentar salvar.