Supondo que você esteja em um ambiente em que possa escrever e executar scripts de shell, isso é bastante fácil de fazer:
ao fazer uma loja:
- monte a imagem do sistema de arquivos.
- procure por todos os arquivos com sufixos de "compactação fraca"
- descompacte esses arquivos
- salve a lista de arquivos descompactados em algum lugar
- desmontar a imagem
- comprima a imagem
re-store:
- descompacte a imagem
- monte o sistema
- use a lista salva anteriormente para compactar os arquivos
Isto pode ser feito usando alguns dos códigos de detecção de arquivos em lesspipe.sh do Gentoo, find e gzip, bzipt2, etc.
Se você preferir compactar arquivos individuais com "compactação strong" em vez de imagens inteiras, isso certamente também é possível.