Acabei usando uma solução do Visual Basic for Applications com esse código, que deve ser adaptável aos usos de outras pessoas se alguém ler essa questão mais tarde:
Sub OnSlideShowPageChange()
If ActivePresentation.Slides(ActivePresentation.SlideShowWindow.View.CurrentShowPosition).Name = "Countdown" Then
Dim obj As ShockwaveFlash
Set obj = ActivePresentation.Slides("Countdown").Shapes("Timer1").OLEFormat.Object
obj.Playing = True
obj.Rewind
obj.Play
End If
If ActivePresentation.Slides(ActivePresentation.SlideShowWindow.View.CurrentShowPosition).Name = "Countdown2" Then
Dim obj2 As ShockwaveFlash
Set obj2 = Nothing
Set obj2 = ActivePresentation.Slides("Countdown2").Shapes("Timer2").OLEFormat.Object
obj2.Left = -999
MsgBox ("Its x position is now " & obj2.Left)
End If
End Sub
Eu nomeei dois slides que tinham filmes em Flash como "Countdown" e "Countdown2" e os dois filmes como "Timer1" e "Timer2". O código abaixo redefine as propriedades críticas desses filmes quando os slides especificados são inseridos.