Você pode alterar a entrada command
no registro para adicionar um parâmetro:
C:\Users\Me\Batches\make_dir.cmd "%1"
e, em seguida, use esse parâmetro no arquivo de lote:
cd /d "%1"
md SomeDirectory
md SomeOtherDirectory
Quanto à confusão, eu acho que o diretório de trabalho do processo que é iniciado para um comando shell nunca foi realmente especificado para que pudesse ser qualquer coisa. E o Windows 7 introduziu bibliotecas que provavelmente poderiam levar a pastas residindo em »não-caminhos«.