Opções:
- KVM de rede
- Use o grub e reconfigure a partir do Linux, com boot-once para entrar no Windows.
- Com boot.ini e reconfigure a partir do sistema em execução.
3 pode ter dificuldade em lidar com alguns upgrades.
PS: O Ubuntu 9.04 está fora do suporte da Canonical, então você pode querer soltá-lo o mais rápido possível.