Eu já vi um problema semelhante há um tempo atrás.
O problema foi tentar fazer com que o Comando + C envie algo diferente do Comando + (não C / X / V).
Talvez o Autokey (versão para Linux / Python) possa ajudar?
Para o Terminal do Gnome, mapeamento:
- Comando + C = Ctrl + Ins
- Comando + V = Shift + Ins
- Comando + X = Ctrl + Del
deve ser a opção mais fácil, ou você pode ir para Editar- > Atalhos de teclado se precisar usar outra coisa.