Você precisará fazer FTP no servidor como um usuário autorizado para obter scripts do lado do servidor e outros objetos não referenciados por nenhum arquivo HTML. O "porquê" é complicado demais para explicar. Aqui está uma FAQ da FAQ página do HTTRACK que responde à sua pergunta:
Q: How can I retrieve .asp or .cgi sources instead of .html result?
A: You can't! For security reasons, web servers do not allow that.