Eu tive um problema semelhante e, por acaso, descobri que, por alguma razão, meu computador não passaria pelo POST se tivesse um disco rígido conectado que não tivesse um gerenciador de inicialização válido. Parece ser um problema de BIOS específico para este BIOS / Motherboard (MSI MS-6580, se bem me lembro).
De qualquer forma, a solução que funcionou para mim foi simplesmente instalar o GRUB no disco rígido (mesmo que fosse um disco rígido secundário sem sistema operacional ligado - nem queria um sistema operacional instalado no segundo disco rígido) e hey-presto o computador inicializado novamente sem qualquer problema (a partir do disco rígido principal, obviamente).
Espero que isso ajude alguém.