Estou tentando resolver o problema de colocar e-mails IMAP em um arquivo local há mais de um ano, e ainda não encontrei nada automático.
Você pode usar filtaquilla e uma configuração de configuração
Para chegar a um ponto em que um filtro executado manualmente irá arquivar mensagens com estrutura de pastas usando o recurso de arquivamento do Thunderbird, mas ainda não consegui automatizar o processo.