Sua pergunta não está clara e não tenho certeza se a saída do comando está completa.
Tente forçar um -r na frente da entrada.
Isto parece um problema de um arquivo de entrada e menos de ffmpeg.
Além disso, por que decodificar por 3 minutos antes do processamento?
Aqui está uma breve introdução se você não tiver certeza do que seu comando está realmente fazendo aqui.