De volta, quando eu estava envolvido com aplicativos 3D, descobrimos que não havia muita diferença entre as placas de jogos high-end e as de baixo desempenho. Eu suspeito que isso não mudou muito.
A principal diferença nos dias de hoje parece ser o tipo e a qualidade das saídas. É mais provável que uma placa de estação de trabalho tenha saídas DVI duplas, enquanto uma placa de jogos típica ainda terá uma saída DVI e uma VGA (por exemplo). Como o @davr aponta, as placas de jogos high-end terão saídas DVI duplas, tornando as diferenças entre os tipos de cartão ainda menores.
Provavelmente você verificou a especificação de cada cartão? Os benchmarks que eles usam correspondem ao que seu aplicativo faz?
Seria bom se você pudesse testar o cartão e fazer alguns benchmarks. Você tem uma loja local amigável que você poderia convencer a configurar duas máquinas (ou trocar cartões em uma máquina) e executar uma referência com seu software? Se eles soubessem que houve uma venda no final do dia, eles podem ser passíveis de serem atendidos.