Não tenho certeza se você conseguiu resolver este problema, e você está certo de que parece estranho - possivelmente algum tipo de corrupção no executável.
Para removê-lo da inicialização, você pode usar os Boletins da Sysinternals. Ele deve aparecer em algum lugar lá, já que o Autoruns possui uma lista extensa de locais que examina para aplicativos de inicialização.