Pode ser um problema de permissões / propriedade de arquivos. Você está executando o XP Pro ou Vista ou Win7? Nesse caso, você deve poder ir até a raiz da unidade e apropriar-se de todos os arquivos, forçando herança e propogação. Se a quantia que você copiou for grande, você pode verificar o tamanho da unidade e o espaço livre disponível apenas para verificar se os arquivos estão ocupando pelo menos o espaço na unidade antes de cavar para tentar encontrá-los.